Les conséquences de cette malformation varient en fonction de la localisation des dommages, qui s'étendent principalement à la moelle épinière et les racines des nerfs, cela dépend également du fait que la rupture soit complète ou partielle.
Les impulsions nerveuses n'atteignent pas leurs destinations d'une façon normale, menant à une déficience musculaire avec paralysie et mobilité réduite, l'engourdissement, la faible circulation dans les jambes et un risque élevé de fracture. Beaucoup de personnes utilisent des fauteuils roulants et peuvent développer des articulations disloquées, des jambes mal alignées et en arrière. Le Spina Bifida n'implique pas seulement une mobilité réduite, cela affecte aussi plusieurs autres fonctions physiques.
Parmi d'autres choses, le contrôle nerveux de la vessie et du rectum est perturbé dans
90 % et 80 % d'enfants avec Spina Bifida, respectivement.
Plus de 80 % d'enfants avec Spina Bifida développent une hydrocéphalie, qui signifie que le liquide créé dans le cerveau ne peut pas circuler librement. Ce liquide reste dans les cavités du cerveau et entraine une pression sur le cerveau du nouveau-né, qui s'étend et fait grossir la tête. Cela peut être traité en plaçant chirurgicalement une dérivation soulageant cette pression qui est fait d'un tuyau mince avec une valve réglant la pression. Ce changement cérébral congénital et la pression qu'il exerce sur le cerveau peuvent parfois mener à une puberté retardée, diminuer les compétences du cerveau, mais aussi des problèmes cognitifs typiques comme des troubles de la mémoire, la difficulté à comprendre les conséquences et réduire les initiatives.